Năm thứ Thuận Trị thứ 7 (1650), ngày 9 tháng 12 (âm lịch), giờ Tuất, Đa Nhĩ Cổn đột ngột qua đời trong một chuyến đi săn tại Khách Lạt thành (nay là Thừa Đức, tỉnh Hà Bắc), khi 39 tuổi. Thuận Trị Đế nghe tin, đích thân mặc phục tang, đứng ngoài Đông Trực môn (東直門) khoảng 5 dặm mà nghênh đón di thể Đa Nhĩ Cổn về.

Với địa vị và quyền lực của mình, Đa Nhĩ Cổn được quần thần đế nghị Thuận Trị Đế tôn phong thụy hiệu lẫn miếu hiệu như một Hoàng đế dù không phải là tổ tiên trực hệ của nhà vua hay trưởng bối ở hàng thừa kế cao hơn, và điều này chỉ xảy ra duy nhất một lần ở nhà Thanh. Miếu hiệu của ông là Thành Tông (成宗), còn thụy hiệu của ông là Mậu Đức Tu Viễn Quảng Nghiệp Định Công An Dân Lập Chính Thành Kính Nghĩa Hoàng đế (懋德修遠廣業定功安民立政誠敬義皇帝). Ngay cả Thuận Trị Đế đã phải lạy ba lần trước mộ phần của Đa Nhĩ Cổn.

Đa Nhĩ Cổn 15 tuổi chứng kiến mẹ ruột bị bức tử, bị tước mất quyền kế vị Đại Hãn. Cả đời ông luôn nhẫn nhịn để tìm cách đoạt lại ngôi vị Hoàng đế nhưng chưa thực hiện được thì đã qua đời. Dù vậy, khi trở thành Nhiếp chính vương và chiếm được Bắc Kinh, ông đã tự cho phép mình sử dụng những nghi vệ long trọng, vốn chỉ danh cho Hoàng đế. Tất cả những điều này làm cho vị vua trẻ Thuận Trị Đế hết sức không hài lòng. Vì vậy, chỉ 1 năm sau khi ông qua đời (1651), những thế lực chống lại Đa Nhĩ Cổn, đứng đầu là cựu đồng phụ chính vương, Hòa Thạc Trịnh Thân vương Tế Nhĩ Cáp Lãng, vốn bị Đa Nhĩ Cổn tước quyền phụ chính vào năm 1647, đã liên hệ các Vương, đại thần chống đối Đa Nhĩ Cổn để từng bước hạch tội ông. Đầu tiên, là xét A Tế Cách tội trạng, sau đó khôi phục địa vị của các đại thần thuộc hai Hoàng kỳ, những người chống đối Đa Nhĩ Cổn.

Sau đó, Tế Nhĩ Cáp Lãng liên kết cùng 3 vị Thân vương khác, là Tốn Thân vương Mãn Đạt Hải (满达海), Đoan Trọng Thân vương Bác Lạc (博洛) và Kính Cẩn Thân vương Ni Kham (尼堪) cùng tiến cung, đồng thời trình cho Thuận Trị Đế một danh sách dài các tội của Đa Nhĩ Cổn, bao gồm 14 điều, là: bí mật may Hoàng bào (tuyệt đối chỉ dùng cho Hoàng đế); bày mưu cướp ngai vàng; tự phong làm Hoàng phụ; giết Hào Cách và cướp thê thiếp của ông ta cho mình, v..v... Sau khi suy tính, tờ cáo trạng này được tung ra, chiếu cáo khắp thiên hạ, Đa Nhĩ Cổn từ vị trí tôn quý nhất đột nhiên rơi xuống vực thẩm[26].

Thượng sớ tâu hạch tội ghi đại lược:

Nhiều người tin rằng Đa Nhĩ Cổn đã sắp đặt cuộc chiến giành quyền lực với Thuận Trị khi Hoàng đế đã sang tuổi trưởng thành, nên khi các thế lực chống Đa Nhĩ Cổn giành được quyền lực, Thuận Trị Đế đã tước mọi danh hiệu của Đa Nhĩ Cổn và còn đánh vào cả quan tài. Bản thân Đa Nhĩ Cổn không có hậu duệ, thừa tự là lấy Đa Nhĩ Bác - con trai thứ 5 của người em Đa Đạc mà kế thừa, sau khi Đa Nhĩ Cổn bị hạch tội thì Đa Nhĩ Bác bị cưỡng chế quy tông tịch.

Những năm 30 triều Càn Long, Thanh Cao Tông đã quyết định truy phục Đa Nhĩ Cổn, xóa bỏ mọi tố cáo và phục nguyên tước Hòa Thạc Duệ Thân vương, việc này chính thức hiệu lực vào năm Càn Long thứ 43 (1778), và Đa Nhĩ Cổn được truy phục Hòa Thạc Duệ Thân vương, thụy là Trung (忠), phối hưởng thần vị vào Thái Miếu như một đại công thần của triều Thanh. Con cháu thừa tự khi trước của ông, hậu duệ Đa Nhĩ Bác, được mệnh thừa tước Duệ Thân vương, với người đầu tiên là Thuần Dĩnh. Hiện nay, mộ của ông được gọi là Cửu vương mộ (九王墳), nằm ở ngoài Đông Trực môn, Bắc Kinh. Mộ có diện tích 200.000 mét vuông, hướng Bắc-Nam, phía Nam có một cây cầu, có tường vây và Hưởng điện, đều theo quy chuẩn của một Thân vương. Từ năm 1954, mặt bằng của mộ phần đã bị san bằng.